Porastom korištenja QR kodova u raznovrsnom marketingu dolazi u pitanje sigurnost njihova korištenja. Skeniranjem QR koda pametnim telefonom, telefon dobiva informaciju o internetskoj lokaciji sadržaja tog koda. Tako primjerice agenti za nekretnine svoje nekretnine mogu jednostavno reklamirati u brošurama stavljajući QR kodove koje onda potencijalni kupci mogu relativno brzo i efikasno pregledavati bilo gdje na svojim pametnim telefonima. Ovo je vrlo jeftin i jednostavan način oglašavanja, ali predstavlja prijetnju sigurnosti samih korisnika. Naime, korisnik nikako ne može znati točnu lokaciju na koju će ga odvesti određeni QR kod sve dok nije skenirao sam QR kod. Sigurnosni stručnjaci upozoravaju kako je pitanje vremena prije nego li zlonamjerni korisnici počnu sami stvarati vlastite zlonamjerne QR kodove. Sigurnosni stručnjaci upozoravaju kako bi korisnici mogli na ulici skenirati neodređeni QR kod i tako zaraziti svoj pametni telefon virusom ili bi mogli poslati povjerljive podatke na neku internetsku stranicu. Trenutno jedini način zaštite od zlonamjernih QR kodova jest skeniranje samo onih kodova za koje nam je poznat autor. Detaljniji opis nalazi se na stranicama portala cnet.